1995年，市委、市政府１号文《广州市关于贯彻执行〈中国教育改革发展纲要〉实施意见》，正式确定对广州市属高等教育结构和高等学校布局进行调整。根据李岚清副总理1995年9月20日听取广东、上海、机械工业部关于高校调整汇报后发表的讲话精神，“三教合一”后的新教委组织有关人员进行调研，并于1995年底至1996年初，初步拟出了市属高校布局调整、合作办学的方案。同时，采取召开各类型座谈会等多种形式，广泛征求意见，于1997年下半年形成了广州市属高校布局结构调整方案的送审稿。

1998年初，市政府将方案报省政府，4月15-17日，教育部派出以王纯山为组长的全国高等学校设置评议委员会专家组，到广州考察市属6所高校的情况，对方案提出了修改意见和建议，支持合并组建新的广州大学。

1998-1999年，根据专家组的意见，在市政府组成可有市委、市政府有关部门和高校领导参加的市属高校布局结构调整协调小组指导下，通过调查研究、征求意见，形成了《广州市属高等教育结构调整方案》和《合并组建广州大学（新）方案》，通过了广东省高等学校设置评议委员会专家组的审议，1999年市政府以41号文报省政府，转呈国家教育部。

1999年8月10-15日，国家教育部正式组织全国高等学校设置评议委员会专家组，对合并组建广州大学（新）方案进行了论证和实地考察，专家组和教育部主管部门原则上同意所报方案。

2000年1月初，陈传誉副市长带领有关部门负责同志专程到教育部汇报新广州大学合并组建的准备情况，教育部有关领导和高校设置评议委员会主任张孝文指出：广东合并组建新广州大学，符合整个国家高等教育体制改革的方向，符合广东省、广州市的实际情况可以不交高等学校设置评议委员会讨论。

2000年2月15日，由市委原常委、原常务副市长伍亮、副市长陈传誉主持召开市长办公会议决定，合并组建新广州大学实施工作正式启动，同时决定陈万鹏、华同旭、陈运森、余国扬、许育民、焦兆平、张士勋、舒扬、许慈荣9位同志组成合并组建广州大学（新）工作委员会，下设办公室，由四所合并学校各抽3位干部组成，负责组委会的日常工作，华同旭兼任办公室主任，张友凯、李训贵任副主任。市委、市政府将合并组建新广州大学列为2000年广州市20件大事之一。

2000年3月完成合并组建新广州大学的实施方案，“实施方案”体现实质性合并的原则：即统一的学校主体、统一的组织领导、统一的管理制度、统一的学科建设。

2000年4月21日，合并组建广州大学（新）工作委员会召开了第一次4所普通高校全体中层以上干部大会，大会通报了“实施方案”初步设想，广州市政府副秘书长陈万鹏作了讲话。

4月24日 教育部发教发[2000]94号文，同意广州师范学院、广州大学、广州师范专科学校、广州教育学院、广州市城建职工大学、广州建筑总公司职工大学等六所学校和华南建设学院西院、广州市联合职工大学电信学院、纺织学院等三块教育资源合并组建新的广州大学。新组建的广州大学是一所多科性的本科院校。学校以本科教育为主，同时积极发展专科层次的高等职业教育，适当承担研究生培养的任务。学校实行省市共建、以市为主的办学体制，全日制在校生的规模暂定为两万人。